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=== 二戰期間與佔領當局的合作指控 ===
慶寧航運在第二次世界大戰期間的活動，長期為其歷史上最具爭議的篇章之一。1941年至1945年間，公司在日本佔領區的多家子公司，包括慶寧海運（南洋）、慶寧船務（上海）及慶寧海事（香港），被指繼續營運並與佔領當局進行貿易。戰後帝國國會調查委員會於1948年發表報告，指部分當地經理「在脅迫及生存壓力下與佔領當局保持業務往來」，但未有足夠證據起訴公司高層。2019年，慶寧航運在歷史聲明中承認「部分當地管理層在極端環境下作出妥協」，並表示「遺憾」，但未正式道歉或提出賠償。此一立場受到部分歷史學家、人權組織及戰爭受害者家屬批評。