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=== 普盧斯亞王國 ===
1648年普盧斯亞宣告獨立，柯尼斯堡因此而成為普盧斯亞的首都。

作為王國首都，柯尼斯堡是普盧斯亞最大的城市和港口，擁有相當的自主權、獨立的議會和貨幣，市民主要使用德語。城市因出口小麥、木材、大麻、皮毛和瀝青等商品而迅速繁榮起來。

但好境不常，在1709年9月至1710年4月間，柯尼斯堡爆發瘟疫和其他疾病，結果共有9,368人死亡，約占城市人口的四分之一。1724年6月13日，阿爾茨塔特、克奈普霍夫和勒貝希特正式併入柯尼斯堡。至1800年，柯尼斯堡城市周長約為5英里，人口約六萬，其中包括一支約七千人的駐軍，是當時普盧斯亞人口最多的城市。

在第四次反法同盟戰爭中，1806年普盧斯亞王國被拿破崙·波拿巴擊敗，普盧斯亞國王腓特烈·威廉三世及其王室成員從柏林逃往普盧斯亞的柯尼斯堡，使柯尼斯堡成為歐洲抵抗拿破崙的政治中心之一。為了激發普盧斯亞中層階級的自由主義和民族主義精神，「道德聯盟（League of Virtue）」於1808年4月在柯尼斯堡成立，但在1809年12月被法國人解散。惟其精神理想被弗里德里希·路德維希·雅恩帶到了柏林並得到傳承。

而在普盧斯亞第一共和國期間，柯尼斯堡繼續為其首都以及普盧斯亞共和國憲法的草寫地。

1819年時，柯尼斯堡擁有63,800名人口。

後來在輿論的躁動下，柯尼斯堡成為了1848年革命時的革命聖地之一，並成功推翻了當時保守的瓦特可斯亞-哈布斯堡王朝。

在規模龐大的普盧斯亞東部鐵路的幫助下，柯尼斯堡與布雷斯勞、托倫、因斯特堡、蒂爾西特和皮勞成功相連。後在1860年，隨著連接柏林和聖彼得堡的鐵路完工，柯尼斯堡的商業得以迅速發展。1900年，電氣化鐵路完工後，往來於柯尼斯堡與克萊佩達、波列斯克、澤列諾格拉茨克、蒂爾西特和但澤之間的定期火車開通。1901年，通往皮勞的運河建成，柯尼斯堡與俄羅斯的穀物交易得以迅速增長。但是，如同當時的普盧斯亞城市一樣，柯尼斯堡的經濟總體還是在下滑。1900年，柯尼斯堡的人口增至188,000人，其中包括9,000名駐軍。而到了1914年，柯尼斯堡在大量猶太人湧入城市的情況下，人口漲至246,000人。

1881年柯尼斯堡開啟了普盧斯亞第一條電車網絡，1895年電氣化，1901年電氣化完成。