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=== 上古時期（公元前4000年至公元前3000年） ===
公元前四千紀，寧江三角洲沖積平原的農業生產力因灌溉技術的進步與稻作品種的改良而大幅提升。人口急劇增長，聚落之間通過貿易、聯姻與軍事征服逐步整合。至公元前三千紀初，以今日寧宮城為中心的一片區域，已形成一個具有明顯階級分化與公共權力機構的複雜社會，被後世文獻稱為「寧地古國」。

在聖寧山周邊的考古發掘中，發現了屬於這一時期的大型夯土建築基址群。這些建築基址分佈有序，顯示出明顯的規劃意圖。其中一處被命名為「聖寧山一號宮殿基址」的遺跡，面積達數千平方米，推測為早期統治者的宮殿或神廟建築。與此同時，考古學家還發現了多座規模宏大、隨葬品豐富的貴族墓葬。其中，一座被命名為「寧宮一號大墓」的貴族墓中，墓室面積達三十平方米，出土了精美的玉琮、玉璧、玉鉞以及象牙雕刻，隨葬品超過兩百件。玉琮與玉鉞的同時出現，顯示墓主集宗教與軍事權力於一身。這一發現與後世文獻追述的「寧地古國」傳說相互印證，表明此時寧京地區已進入酋邦或早期國家階段。

關於這一時期的社會信仰，考古發現提供了豐富線索。在聖寧山頂的岩石上，發現了大量人工刻鑿的符號，部分符號反覆出現，可能具有宗教或天文含義。在宮戶河沿岸，發現了多處祭祀坑，坑內埋藏著精心排列的玉器、陶器及動物骨骼。這些遺跡被認為是萬和教早期祭祀傳統的物質遺存，聖寧山自古以來的神聖地位由此奠定。