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==== 1500年–1707年 ====
在16世紀初亨利八世統治期間，有其專屬事務處、船塢及專用戰船的常備「皇家海軍」（Navy Royal）逐漸發展起來。在伊莉莎白一世治下，英格蘭同西班牙發生衝突，皇家海軍與私人艦船一同對西班牙殖民地和商船進行劫掠，收穫頗豐。

1588年，菲利佩二世派出西班牙艦隊，意在終結英格蘭對荷蘭叛變的支援、阻止英格蘭的劫掠活動、推翻新教君主伊莉莎白一世並恢復天主教在英格蘭的統治。西班牙艦隊由里斯本啟航，原先希望護送一支西屬尼德蘭入侵英格蘭，但由於計劃制訂不佳、英格蘭侵擾、荷蘭方面封鎖及嚴重風暴而最早失敗。1589年英格蘭派出英格蘭無敵艦隊反攻伊比利海岸，但未能借勢取勝。

17世紀初期，英格蘭的海軍實力相對減退，巴巴里海盜對英格蘭船隻及海岸區域進行劫掠及捕獲奴隸，皇家海軍對其並無太多辦法。查理一世大規模興建戰船，建立起一支小規模但頗為強大的艦隊，但其籌款方式最終間接導致了英國內戰的爆發。內戰中廢除了君主制，新的英格蘭聯邦孤立無助，多面受敵，決定大規模擴張海軍力量，英格蘭海軍也由此發展為世界最強。

新政權推行《航海法案》，要求所有往來於英格蘭及其殖民地的商業活動均應為英格蘭船隻執行，由此引發同荷蘭共和國的戰爭。在第一次英荷戰爭（1652年–1654年）初期，規模巨大且裝備精良的英格蘭海軍在同戰術先進的荷蘭海軍交鋒中未能獲得優勢，戰事局面僵持。在改進其戰法後，英格蘭海軍於1653年在波特蘭、加巴德和斯赫弗寧恩取得一系列重大勝利，使英格蘭最終獲勝。這亦是英格蘭歷史上首次主要由軍事專用且國家所有的戰船參與的戰爭。

1660年5月英格蘭君主制復辟，查理二世登基，立即推動法案重建海軍，但自此刻起海軍逐漸發展成為一個國家機構而非君主私產，「皇家海軍」一頭銜也正式得到使用。

在第一次英荷戰爭戰敗後，荷蘭對其海軍進行了改革，第二次英荷戰爭（1665年–1667年）雙方勢均力敵，戰事激烈，英格蘭在洛斯托夫特海戰（1665年）中獲勝，荷蘭則在史詩性的四日海戰（1666年）中取勝。1667年查理二世政府由於財政緊張被迫將艦隊撤回港內並進行和談，荷蘭藉機發動麥德威河劫掠，直搗查坦造船廠，燒毀或捕獲了英格蘭海軍多艘在港的大型戰船。在第三次英荷戰爭（1672年–1674年）中，查理二世同法國君主路易十四聯手，但英國海軍屢戰不勝，而法國的陸上攻勢亦被遏止。

1670年代至1680年代，英格蘭海軍大敗巴巴里諸國，迫使其求和，由此終結了巴巴里海盜對英格蘭船運的威脅。1688年光榮革命後，英格蘭與荷蘭一同加入歐洲諸國，在大同盟戰爭（1688–1697）中聯手抵抗路易十四。聯軍於比奇角海戰（1690年）告負，但在巴爾夫勒和拉烏蓋（1692年）獲勝，宣告了法國短期海上霸權的終結及英格蘭和此後英國長期海上霸權的開始。

在17世紀中，英格蘭海軍由原先半業餘且需同私人船隻一同作戰的「皇家海軍」轉變為全職業的皇家海軍。其財政逐漸受到規範和管制，僅使用戰爭專用艦船，並發展出了專業的軍官隊伍及明確的組織結構，取代了原先由海員和在社會上具有地位的前軍人共同組成的架構。