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==衰落==
1904年，[[淸水第二共和國|淸水民國]]成立，[[任唯賢]]政府起初並無對教會多加干涉，唯1906年首次總統及立法院選舉時，教會高調為反對派助選，又聲稱政府為撒旦教徒，意圖將清水變成「魔鬼的國度」，此舉令革命民主黨於教會勢力龐大的東部及北部沿岸選情失利。作為舊政權、保皇黨以及右翼勢力的核心精神支柱，耀天聖道會成為了新政府的首要清洗目標。任唯賢稱其與保皇黨及外國勢力「沆瀣一氣」，意圖復辟清水以往的君主制及外國傀儡。

1907年1月，政府頒布嚴苛的《宗教管理法》。耀天聖道會被官方定性為「邪教組織」。此後政府軍隊開進了各地的主教座堂。教會的土地與財產被全面沒收，數以千計的牧師、神父與因為拒絕放棄信仰而被定罪，大多遭到監禁或監視。

對耀天聖道會的清算成為了新政府全面壓制宗教組織的序幕。政府1909年成立了「宗教管理局」，不僅是基督教，國內的佛教、道教及其他民間信仰也一併遭到打擊。政府接管全國有宗教背景的學校，於教綱加入無神論內容，並以貪污罪起訴各宗教領袖及神職人員，此後清水宗教人口開始逐年遞減。