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=== 第二次世界大戰 ===
第二次世界大戰對慶寧航運造成前所未有的衝擊。1941年，日本侵略慶寧，關中地區遭日軍佔領，帝國被迫全面投入戰爭。戰爭期間，慶寧航運的全球航線遭受嚴重破壞，公司在東南亞、中國、印度及太平洋地區的商館、倉庫、碼頭及船隊多數被日軍佔領或摧毀。公司位於咸美頓、海崎及寧京的總部及主要設施亦遭受不同程度損壞。

1941年至1945年間，慶寧航運船隊被帝國政府徵用，參與戰略物資運輸。公司船隻在大西洋、太平洋、印度洋及地中海執行糧食、燃料、藥品、軍火及原材料運輸任務，並參與帝國聯邦主導的戰時物資調配計劃。公司亦利用其在南美洲及非洲的中立國據點，為帝國採購及運輸橡膠、錫、鎢、石油及糧食。據戰後統計，慶寧航運在戰爭中損失商船超過一百八十艘，總噸位超過六十萬噸；損失海外碼頭、倉庫及辦公物業超過三百處；僱員傷亡人數超過五千人。

戰爭期間，慶寧航運在部分日軍佔領區的子公司，包括慶寧海運（南洋）、慶寧船務（上海）及慶寧海事（香港），被指繼續營運並與佔領當局進行貿易。戰後帝國國會曾成立調查委員會，調查公司在淪陷區的活動。委員會最終於1948年發表報告，指部分當地經理「在脅迫及生存壓力下與佔領當局保持業務往來」，但未有足夠證據起訴公司高層。此一歷史爭議至今仍為學術界及公眾討論焦點。